约99%的肛周脓肿的产生与肛腺熏染化脓有关。正常肛腺大局部位于肛门表里括约肌之间，启齿位于肛隐窝。当粪便和细菌经过启齿进入肛腺时可引发肛窦炎及肛腺炎症，这些炎症可分散到肛管直肠四周构造构成肛周脓肿。肛管直肠四周存在的各间隙通常由脂肪构造和淋巴构造添补，构造松散，熏染时脓肿多产生在这些间隙。其他的病因还包罗毁伤、异物、直肠炎、皮肤疾病等。
但应指出有些病灶其熏染并不泉源于肛腺，若有些肛管直肠四周脓肿可间接泉源于肛裂、血栓性外痔决裂、脱垂性血栓性内痔、内痔或直肠脱垂药物注射后，也可泉源于肛周皮肤熏染、败血症、血液疾患或间接内伤，多数病例还可泉源于结核、溃疡性结肠炎或克罗恩病等。
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